Markus Fein studierte Angewandte Kulturwissenschaften an der Universität Lüneburg sowie Musikwissenschaft und Kunstgeschichte an den Universitäten Hamburg und Wien. Seine Ausbildung schloss er als Forschungsstipendiat der Universität Hamburg und der Paul Sacher Stiftung (Basel) mit einer Dissertation über den italienischen Komponisten Bruno Maderna ab.
Während der Studienjahre war er bereits mehrere Jahre Dramaturg und organisatorischer Leiter des internationalen Kammermusikfestes "neue musik rümlingen" bei Basel; im Jahr 1998 initiierte er als Künstlerischer Leiter den fünfteiligen Konzertzyklus "Spiegelungen - die späten Streichquartette Beethovens". Darüber hinaus war er u.a. als Dramaturg bei Musiktheaterproduktionen des WDR, als Kurator von Ausstellungen des NDR und als musikalischer Berater für verschiedene Veranstalter tätig. Von 1998 bis 2006 leitete er das Musikressort von KunstRaum-Hüll und kuratierte dort zahlreiche Musikfestivals (u.a. "Im Atelier der Klänge: Wolfgang Rihm"). Neben seiner musikpublizistischen Arbeit ("Im Sog der Klänge. Gespräche mit Jörg Widmann, Schott 2005) hat er sich wiederholt als Musikvermittler engagiert: Er leitete das "Auditorium" des Internationalen Violinwettbewerbs Hannover, moderiert die Konzertreihe "2 x hören" (KörberForum) und führt zahlreiche Künstler- und Komponistengespräche. Von 2002 bis 2006 hatte er einen Lehrauftrag an der Universität Lüneburg inne.
Im Zentrum der Arbeit von Markus Fein steht seine Tätigkeit als Festivalleiter. Für die Stadt Göttingen konzipierte er das interdisziplinäre Festival "Experiment Geschwindigkeit" (2004). Von 2002 bis 2011 war Markus Fein Künstlerischer Leiter der "Sommerlichen Musiktage Hitzacker", von 2007 bis 2011 Intendant der "Niedersächsischen Musiktage". Von 2010 bis 2011 war er als Leiter der Programmplanung und Dramaturgie für die Berliner Philharmoniker tätig.