Die Alfred Toepfer Stiftung F.V.S. beschäftigt derzeit neben den beiden hauptamtlichen Mitgliedern des Vorstands neun Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter in ihrer Geschäftsstelle am Georgsplatz, außerdem nebenberufliche und ehrenamtliche Kräfte sowie Praktikanten. Hinzu kommen die technischen und hauswirtschaftlichen Kräfte im Gästehaus der Stiftung und im Seminarzentrum Gut Siggen.

Mit diesem Team verwirklicht die Stiftung ihre satzungsgemäßen Ziele. Sie tut dies hauptsächlich operativ, d. h. sie handelt als eine als Institution, die Projekte und Programme weitgehend in eigener operativer Verantwortung, gegebenenfalls gemeinsam mit Partnern realisiert. Darüber hinaus spricht die Stiftung in kleinerem Umfang Einzelförderungen aus. Sie finanziert ihre Tätigkeiten aus dem Stiftungsvermögen, dessen Zusammensetzung sich aus der Bilanz ergibt. Zum Jahresabschluss der Stiftung gehören außerdem die Gewinn- und Verlustrechnung und die Erläuterungen.